Homo sapiens Gene: CLOCK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-19411.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | CLOCK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | clock homolog (mouse) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | bHLHe8; KAT13D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000134852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
clock homolog (mouse)
clock homolog (mouse)
clock homolog (mouse)
clock homolog (mouse)
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene product regulates circadian rhythm and metabolism. The protein encodes a transcription factor of the basic helix-loop-helix (bHLH) family and a DNA binding histone acetyltransferase. Polymorphisms in this gene may be associated with behavioral changes in certain populations and with obesity and metabolic syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jun 2012] The protein encoded by this gene plays a central role in the regulation of circadian rhythms. The protein encodes a transcription factor of the basic helix-loop-helix (bHLH) family and contains DNA binding histone acetyltransferase activity. The encoded protein forms a heterodimer with ARNTL (BMAL1) that binds E-box enhancer elements upstream of Period (PER1, PER2, PER3) and Cryptochrome (CRY1, CRY2) genes and activates transcription of these genes. PER and CRY proteins heterodimerize and repress their own transcription by interacting in a feedback loop with CLOCK/ARNTL complexes. Polymorphisms in this gene may be associated with behavioral changes in certain populations and with obesity and metabolic syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 4:55427903-55547138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 24 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 25 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
PPARA activates gene expression pathway
Regulation of lipid metabolism by Peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARalpha) pathway
Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism pathway
RORA activates circadian gene expression pathway
BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression pathway
REV-ERBA represses gene expression pathway
Circadian Clock pathway
HATs acetylate histones pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Chromatin organization pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
Metabolism pathway
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KEGG |
Circadian rhythm pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
Circadian rhythm pathway
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.436975 Hs.658811 Hs.671434 Hs.717498 Hs.727767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001267843 NM_004898 XM_005265787 XM_006714054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS3500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 03508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||